Als het paard besmet is met het virus gaat zich dat eerst vermeerderen na 5 tot 30 dagen wordt het paard ziek. Het paard krijgt koorts, is sloom en wil weinig, of niet eten. Deze symptomen kunnen onduidelijk zijn en niet opgemerkt worden. De meeste paarden knappen na korte tijd (tijdelijk) weer op. Maar de besmette paarden krijgen steeds terugkerende perioden van ziekte. Tijdens deze periodes zijn de paarden sloom, hebben koorts en eten slecht. Ze hebben een tekort aan bloedplaatjes en rode bloedcellen (bloedarmoede). De ziekteperioden duren vaak maar 3 tot 5 dagen en de perioden tussen twee ziekteperioden kan weken tot maanden zijn. Tussen de ziekteperioden kan het paard helemaal normaal zijn.
Bij sommige paarden gaan de ziekteperioden elkaar steeds sneller opvolgen en het paard heeft tussen de ziekteperioden in geen tijd meer om te herstellen. Het begint gewicht te verliezen en krijgt bleke slijmvliezen. Daarnaast kunnen er spontane bloedingen (door het tekort aan bloedplaatjes) plaats vinden en kan het paard dikke benen en vocht onder de borst krijgen.
Bij andere paarden houden de ziekteperioden op een gegeven moment op (dit gebeurt binnen een jaar na de eerste besmetting) of zijn de symptomen zo mild dat ze nooit opgemerkt worden. Deze paarden blijven de rest van hun leven besmettelijk voor andere paarden.